โรงเรียนจักรคำคณาทร จังหวัดลำพูน ตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ.2447 เดิมตั้งอยู่ที่วัดพระธาตุหริภุญชัย บริเวณคณะสะดือเมือง ขณะนั้นมีชื่อว่า “โรงเรียนวิทยาคม” ตั้งอยู่ได้ประมาณ 17 – 18 ปี อาคารเรียนทรุดโทรม บริเวณคับแคบ เจ้าผู้ครองนครลำพูน คือ พลตรีมหาอำมาตย์โทเจ้าจักรคำขจรศักดิ์ จึงได้ประทานที่ดินถนนสายลำพูน-ป่าซาง บ้านสันดอนรอม  อำเภอเมืองลำพูน ซึ่งเป็นที่ตั้งโรงเรียนส่วนบุญโญปถัมภ์ลำพูน ในปัจจุบัน พร้อมกับประทานเงินอีกจำนวน 4,000 บาท และได้รับงบประมาณจากทางราชการอีก 3,500 บาท  จึงย้ายโรงเรียนไปสร้างใหม่ ณ สถานที่ดังกล่าว และเปิดการสอน ณ ที่แห่งนี้ เมื่อวันที่ 18 พฤษภาคม พ.ศ.2466 โดยได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว พระราชทานนามให้ว่า “โรงเรียนจักรคำคณาทร” ตามพระนามของ เจ้าผู้ครองนครลำพูน และได้ใช้ชื่อนี้ มาจนถึงปัจจุบัน

          ต่อมาราชการเห็นว่าบริเวณโรงเรียนคับแคบ ขยายไม่ได้ จึงได้ย้ายมาสร้างที่บ้านหนองเส้งถนนเจริญราษฎร์ โดยจับจองที่ดิน ขอแบ่งซื้อจากราษฎร และได้รับความกรุณาจาก พลตรีมหาอำมาตย์โท เจ้าจักรคำขจรศักดิ์ และเจ้าวรทัศน์ ณ ลำพูน คุณบรรจง - คุณพิกุล นวชัย บริจาคที่ดินสมทบรวม เนื้อที่ทั้งหมด 37 ไร่ 3 งาน 17.80 ตารางวา เลขที่ 426 ถนนเจริญราษฎร์ อำเภอเมือง จังหวัดลำพูน เมื่อสร้างครั้งแรกมีอาคารไม้ 2 ชั้น เพียงหลังเดียว (รื้อถอนออกไปแล้ว) และได้ย้ายนักเรียน พัสดุ ครุภัณฑ์ มาเรียน ณ สถานที่แห่งใหม่นี้เมื่อวันที่ 12 มิถุนายน พ.ศ.2484 ซึ่งโรงเรียนได้ถือเอาวันที่  12 มิถุนายนของทุกปี เป็นวันสถาปนาโรงเรียนสืบมา

          ปัจจุบันโรงเรียนจักรคำคณาทร มีอาคารเป็นตึกถาวร 7 หลัง คือ

          อาคาร 1 อาคารจักรคำขจรศักดิ์ สร้างเมื่อปี พ.ศ.2521 เป็นที่ทำการของกลุ่มสาระการเรียนรู้ สังคมศึกษา ศาสนา และวัฒนธรรม

          อาคาร 2 อาคารเหมพินทุ์ไพจิตร สร้างเมื่อปี พ.ศ.2520 เป็นที่ทำการของกลุ่มสาระการเรียนรู้ภาษาต่างประเทศ

          อาคาร 3 อาคารอาทิตยราช สร้างเมื่อปี พ.ศ.2516 – 2517 เป็นที่ทำการของกลุ่มสาระการเรียนรู้วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี

          อาคาร 4 อาคารพิศาลโสภาคุณ สร้างเมื่อปี พ.ศ.2532 – 2533 เป็นที่ทำการของกลุ่มสาระการเรียนรู้คณิตศาสตร์

          อาคาร 5 อาคารอินทยงยศโชติ สร้างเมื่อปี พ.ศ.2443 เป็นที่ทำการของกลุ่มสาระการเรียนรู้ภาษาไทย

          อาคาร 6 อาคารเฉลิมพระเกียรติ 7 รอบ พระชนมพรรษา สร้างเมื่อปี พ.ศ.2554 

          อาคารจักรคำวิทยาคม สร้างเมื่อปี พ.ศ.2505 ใช้เป็นอาคารสำนักงานของผู้อำนวยการและฝ่ายบริหาร

                   นอกจากนี้ก็มีอาคารประกอบหลายหลัง ได้แก่ หอประชุมบุรีรัตน์ อาคารอุตสาหกรรม อาคาร คหกรรม อาคารดนตรีศึกษา อาคารศูนย์กีฬากรมสามัญ เรือนหลวงล้านนากาญจนาภิเษก หอสมุดเติมทองไชย อาคารอนุสรณ์ 100 ปี ศูนย์วิชาการจักรคำ 100 ปี อาคารเกษตร อาคารลูกเสือ  อาคารจักรคำ 115 ปี   อาคารดาราดิเรก จักรคำ 119 ปี  บ้านพักครู 7 หลัง บ้านพักภารโรง 3 หลัง